Der Council regelt die Zusammenarbeit zwischen den am ORIGINS Cluster beteiligten Einrichtungen. Zu den Ratsmitgliedern gehören die Präsidenten der beiden Münchner Universitäten und der Max-Planck-Gesellschaft, der Generaldirektor der ESO, die beiden Cluster-Sprecher sowie Vertreter aller Kooperations-partner. Der bzw. die Gleichstellungsbeauftragte des Clusters ist Mitglied des Rates, um die Einhaltung des Programms für Chancengleichheit und Vielfalt zu überwachen. Der Rat tritt alle zwei Jahre zusammen.
